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Los Verdes de Canarias se crea en abril de 1996, a partir de la disolución del partido Izquierda Verde de las Islas Canarias. Quedamos registrados como partido miembro de la Confederación de Los Verdes.  

Sin embargo, hay que poner como fecha de constitución el 3 de marzo de 1997, cuando se celebra el congreso constituyente, con el que el partido inicia su actividad pública. Entonces el partido sólo existía en la isla de Tenerife. Se desarrollan varias campañas y una intensa y progresiva actividad. 

En enero de 1998 se suscribe un acuerdo con Nueva Izquierda Canaria, que solo duraría hasta mayo de ese año, al observar que las estrategias de ambos partidos eran diferentes, ya que la intención de NIC era su integración en el PSOE. 

En febrero de 1999 se celebra el segundo congreso, con la vista puesta en las primeras elecciones, de junio de 1999. De cara a dichas elecciones se forman candidaturas solamente de Los Verdes de Canarias al Parlamento de Canarias y al Cabildo en tres islas, Tenerife, Gran Canaria y La Palma. Además de presentar listas en 10 municipios de Canarias. Se obtiene la primera representación, al conseguir Rosa González salir elegida como concejal en el Ayuntamiento de Tijarafe. También se consigue tres concejales en La Orotava, en la coalición de IpO-Los Verdes. Los Verdes de Canarias obtenemos algo más de 12.000 votos en las tres islas donde se presentaba candidatura. 

En noviembre de 1999 tiene lugar el III Congreso, necesario para adaptar el partido a la nueva realidad, con presencia en tres islas. 

Tras las elecciones locales y autonómicas, Los Verdes de Canarias presentan candidatura en solitario a las elecciones generales de marzo de 2000, en las dos provincias canarias y en tres islas al Senado. Mas de 10.000 ciudadanos canarios dan su confianza a Los Verdes de Canarias. 

En mayo de 2001 se celebra el IV Congreso, que supone una renovación en contenidos y personas. Se mantiene la organización en las islas de La Palma, Gran Canaria y Tenerife. Con la meta puesta en las elecciones locales y autonómicas de mayo de 2003, a principios de ese año se constituye una nueva asamblea insular en Fuerteventura.  

Las elecciones de mayo de 2003 suponen  un salto cualitativo y cuantitativo para el partido. Se presentan candidaturas en cuatro islas y en 17 municipios de Canarias. Se mejoran los resultados de la cita anterior, al obtener mas de 18.000 votos (un 3% en Tenerife). Se consiguen ocho concejales, uno en Santa Brígida, dos en El Rosario, en coalición con Iniciativa por El Rosario, que con posterioridad se integra en Los Verdes de Canarias, y cinco en La Orotava, en coalición con Iniciativa por la Orotava (IpO-Los Verdes). 

En enero de 2004 se celebra el V Congreso, por primera vez en Las Palmas de Gran Canaria. Este congreso aprueba dar de baja al partido de la Confederación de Los Verdes, disconformes con su políticas de pactos con los socialistas. Asimismo se aprueba una resolución que posibilita que para las elecciones de marzo de ese año, se participe en una coalición con IUC y Alternativa Ciudadana 25M. Esta resolución provoca una escisión en el partido, ya que una parte mayoritaria de la Asamblea de Gran Canaria decide presentar listas sólo verdes para las elecciones generales. Posteriormente, constituyen el Partido Verde Canario, que en mayo de 2004 ingresa como miembro de la Confederación de Los Verdes. Los Verdes de Canarias no son readmitidos como miembros de la Confederación.

En las elecciones de marzo de 2004 Los Verdes de Canarias se presentan en la coalición Iniciativa Los Verdes-Izquierda Unida-Alternativa Ciudadana, obteniendo unos resultados que no respondieron a las expectativas (18.000 votos), influidos también por el efecto del 11M.

Los Verdes de Canarias, aún fuera de la Confederación de Los Verdes, siguen teniendo como referente político a LOS VERDES, y su representante en Europa, el Partido Verde Europeo. Para ello, trabajarán en recuperar la unidad de acción en Canarias, que sin duda una parte importante del electorado canario desea.

En octubre de 2004 Los Verdes de Canarias celebraron su VI Congreso, extraordinario, en Fuerteventura, que aprobó unos nuevos estatutos y la definición de su línea estratégica.